公开征集意见已于7月28日结束。中国人大网显示，在为期一个月的时间里，《草案》征集意见超过13万条。其中，个税起征点的设置、专项扣除的细则标准仍是公众关注的焦点。

此次改革是个税法第七次大修，起征点将由每月的3500元提至5000元。对此，不少观点认为，起征点仍然偏低。在全国人大常委会对个税草案一审时，部分委员就建议提高起征点至6000-10000元不等。2011年,个税草案建议起征点提高至3000元，经过听取各方意见后，全国人大常委会最终将起征点提高至3500元。而在意见征求结束后，个税起征点会否调整，备受外界关注。

同时，鉴于不同地区的收入差距以及家庭实际收入情况，还有意见提出，起征点的设定不必搞全国统一标准。十三届全国人大常委会委员鲜铁可表示，在全国范围内规定统一的免征额，难以充分反映各省份地区的实际消费支出情况，不利于实现税负公平。

不过，业内人士不赞同“按地区经济水平实施不同的个税起征点”。他认为，跨行政区的时候最好不要有个税的壁垒去影响（劳动力）要素流动的市场调节机制。在贾康看来，把个税起征点设定成一个自动调节的机制和物价水平挂钩，不失为一个可以考虑的趋向。如每3年根据物价指数自动调整。

除起征点外，《草案》提出的专项附加扣除也引发争论。《草案》显示，纳税额将扣除子女教育、继续教育、大病医疗、住房贷款利息和住房租金等的支出，但没有给出专项附加扣除的具体范围、标准和实施步骤。有专家指出，若申报程序复杂，纳税人申报成本过高，可能使之流于形式。

而在扣除项目上，由于《草案》提出的多涉及已婚家庭，因此有人认为将“专项附加扣除”解读为“单身税”。对此，中国政法大学财税法研究中心主任施正文表示，对于养育子女的家庭，因为负担重，对产生的支出适当给予扣除，是合理和应当的。不过，施正文也提出，专项附加扣除考虑家庭因素只是第一步，未来还可以逐渐设置单身申报、夫妻联合申报、夫妻单独申报等多种申报单位，由纳税人根据自身情况选择。

鲜铁可曾在审议《草案》时表示，逐步过渡到按照家庭收入为单位纳税的方式才能全面体现税收公平。应在充分考虑家庭整体负担的前提下，对年度内家庭成员所取得的全部收入综合计税。

然而建立以家庭为课税单位的申报机制，相关部门还将面对许多挑战。由于人们收入来源愈加多样，且存在许多非货币支付，以及与税务部门共享的个人征信系统尚未建立，税务部门要完全准确掌握家庭收入难度还很大。